Защита в Tower Lab работает через движение тел, а не уменьшение полоски здоровья. Робота нужно вытолкнуть с висящей в воздухе платформы. Башни притягивают, отбрасывают, поднимают и разгоняют цели, образуя цепочки взаимодействий. Изменение размеров помогает увеличивать или разделять снаряды, а также выращивать противников ради дополнительной материи.

Оборонительная сборка складывается через выбор карт. Доступны двадцать видов башен, сорок энергетических ядер, семь ловушек и пять управляемых машин. Физические и вспомогательные модификаторы меняют работу этой системы, позволяя проверять различные комбинации кинетики и гравитации.

Кампания охватывает три региона и использует метапрогрессию. Отдельно предусмотрены обычный и бесконечный аркадные режимы, головоломки и песочница. В последней можно создавать собственные площадки и испытывать на них защитные конструкции.