В Toukiden 2 события разворачиваются через два года после первой игры. История начинается с Пробуждения — нападения демонов на Японию. Игрок создаёт своего Slayer’а, воина, которому предстоит противостоять этой угрозе. В одном из боёв могущественный демон открывает портал и затягивает туда героя. Тот переносится во времени и приходит в себя в деревне Махороба десять лет спустя, не помня своего прошлого.

Главным изменением относительно первой части стало обновление игрового процесса: теперь мир открыт. Из деревни, служащей базой и убежищем, можно отправляться в разные стороны, но некоторые территории недоступны в начале и становятся доступными по мере продвижения. В отдельных местах присутствуют опасные испарения демонического происхождения, угрожающие жизни и здоровью персонажа. Чтобы очистить такую область, нужно победить обитающего там демона.

Среди новых приспособлений — «Demon Hand». Она помогает в бою и при исследовании: её «лапа» способна захватить предмет или небольшого демона и подтянуть его к игроку. Кроме того, в боевой системе расширили набор конечностей противника, которые можно отрывать, что увеличило число доступных действий.

Ещё одно нововведение — «Machina», механическое существо, собирающее материалы, нужные персонажу. Собранное можно применять для улучшения снаряжения.