События Three Kingdoms Mushouden разворачиваются в 182 году, незадолго до Восстания жёлтых повязок. Императорский двор погряз во внутренних распрях и борьбе фракций. Из-за этого чиновники не могут нормально выполнять свои обязанности, а простые люди страдают. Игрок выбирает созданного героя или исторического полководца, собирает войска и заключает союзы. На фоне усиливающегося хаоса эти приготовления могут повлиять на ход истории.

Персонажу предстоит решить, странствовать ли в одиночку или использовать знание эпохи, чтобы привлечь на свою сторону известных военачальников. Источниками сюжета послужили исторические «Записки о Трёх царствах», «Роман о Троецарствии» и современные литературные интерпретации. В игре более 160 исторических деятелей; для выполнения задач нужно учитывать, какие союзы можно заключить и с кем возникнет вражда.

Мир охватывает Сыли, Цзичжоу, Ючжоу, Бинчжоу, Яньчжоу и Цинчжоу. Всего в нём 60 городов, главным образом расположенных у Жёлтой реки. Объём текста превышает 450 000 слов, а система даёт герою гибкие варианты развития. Среди заданий — расправляться с разбойниками, получать награды, устраивать засады на торговые караваны, отражать вторжения чужеземцев и пытаться восстановить порядок при дворе.

Бои с историческим оружием начинаются с небольших стычек, позволяющих набраться сил, а затем переходят к командованию более крупными армиями.