В The Sapling можно выводить новые виды растений и скрещивать животных, создавая собственный мир с необычной фауной. Если включить случайные мутации, природа будет развиваться самостоятельно: игрок сможет наблюдать за эволюцией и формированием экосистем. При желании в любой момент можно самому вмешаться в развитие мира.

В бесконечном режиме песочницы доступны ручные и естественные мутации. Экосистема способна быстро разрастаться, но может и постепенно угаснуть, если организмы не взаимодействуют. В игре действует полноценная система инстинктов: параметры существ можно настроить самостоятельно либо поручить это ИИ. Он определит потребности животных и их возможности — например, видеть, слышать и издавать звуки.

Анимации создаются процедурно. По тому же принципу устроена музыкальная система: саундтрек подстраивается под события и плавно смешивает дорожки в соответствии с происходящим на экране. Разнообразные настройки и дополнительные параметры позволяют сформировать уникальную экосистему и наблюдать за жизнью её обитателей.