The Mortuary Assistant погружает в мрачную повседневность сотрудника морга. Главный герой приезжает в Ривер Филдс, чтобы учиться новой работе и набираться опыта. Его наставник Морттик объясняет повседневные обязанности, правила бальзамирования и ухода за умершими.

Пока игрок занимается делами в морге, он узнаёт о паранормальных происшествиях, связанных с погибшими. Сначала ему приходится разбираться в слухах встревоженных жителей и сталкиваться со странными явлениями. Однажды Морттик связывается с героем и подтверждает, что ужасы реальны. В морг доставляют новые тела, а протагонисту нужно наблюдать за ними и выяснять, как проявляются демонические силы.

Это хоррор с элементами симулятора: игрок принимает тела, сортирует их, осматривает умерших и заносит наблюдения в блокнот. Изучая погибших, персонаж может проводить эксперименты и следить за реакцией на них. В осквернённых телах обитают потусторонние сущности, стремящиеся освободиться и подчинить себе своих физических носителей.