The Dungeon Beneath сочетает рогалик с автобатлером: сражения идут по ходам, однако игрок не командует бойцами напрямую. Союзные и вражеские существа сами выбирают цели и используют свои умения. Каждый раунд можно менять расстановку подопечных; обычно передвинутый юнит сможет атаковать лишь на следующем ходу, хотя некоторые существа способны ударить сразу.

Во главе отряда стоит герой. Его гибель обрывает забег и вынуждает пройти подземелье заново. Герой не получает уровни и не восстанавливает здоровье после битв, но его можно усилить или вылечить найденными и купленными предметами. У противника также есть командир, и для победы его нужно уничтожить. Пока на линии атаки бойца остаются вражеские солдаты, он не сможет наносить урон их командиру.

На поле размещено 18 клеток — по девять на каждую сторону. Для героев предусмотрены три позиции: они могут стоять в центре или перемещаться вверх и вниз; ещё шесть клеток отведены защитникам. В начале в отряде четыре существа, а по мере прохождения их число вырастает до пяти. За боевые победы союзники героя получают опыт. С новым уровнем у них увеличиваются здоровье и сила атаки, а также появляются способности. В бою существа не погибают навсегда: после схватки они возвращаются.

Между сражениями искатели приключений исследуют подземелье и время от времени обнаруживают сундуки с полезными зельями, артефактами и прочей добычей. По пути встречаются и магазины. Кроме того, развивается профиль игрока: после игры система оценивает его успехи и начисляет опыт. Когда очков накопится достаточно, станут доступны новые герои, существа, предметы и другие открытия.