Голос Божий внушает матери Исаака мысль, что сына нужно принести в жертву. Мальчик спасается бегством в подвал, где его окружают братья, сёстры и воплощения собственных страхов. Там же мать с безумным взглядом тянется к нему. Сюжет о жертвоприношении ради доказательства веры подан в классической графике, а цель Исаака — вырваться из этого мира безумия.

Это шутер с элементами roguelike: путь проходит через множество случайно создаваемых уровней. В ходе игры можно найти свыше 100 предметов, способных усилить оружие Исаака или дать ему заклинания. Среди находок встречаются аптечки, патроны, заклинания и варианты внешнего вида героя. Персонаж может оставаться незаметным, пока сам не открывает огонь.

На каждой локации обитают особые монстры: если такой противник остаётся один, победить его вдвое труднее, зато добычи и опыта он оставляет больше. Игра состоит из четырёх глав, в каждой по восемь уровней; помимо этого, в ней есть 20 боссов, с которых выпадают элитные и раритетные предметы. По мере продвижения открываются 50 видов монстров с особой внешностью и умениями, а также три персонажа, за которых можно продолжить прохождение в любой момент. Графика ведёт в сюрреалистичный мир безумия — но Исаака нужно вывести оттуда. Он ведь плачет!