Megabonk бросает игрока против бесконечно прибывающих существ на процедурно создаваемых картах. Нужно как можно дольше держаться под натиском, сочетая приёмы слэшера и шутера от третьего лица. Чем многочисленнее орда, тем важнее уничтожать врагов и умело перемещаться по местности. На каждом этапе предстоит отыскать местного босса и победить его: это открывает путь в следующую, более сложную область. Бои и развитие персонажа образуют основу игрового цикла.

Опыт герой получает за уничтоженных противников. С каждым новым уровнем игрок выбирает одно из случайно предложенных усилений; бонусы имеют разную редкость, поэтому приходится подстраиваться под обстоятельства, а забеги отличаются друг от друга. Сочетая улучшения с добычей, можно собирать собственные наборы для всё более хаотичных схваток. Эксперименты с комбинациями помогают подобрать эффективный способ отражать атаки.

Особые испытания внутри игры дают постоянные улучшения, доступные в будущих попытках. Также открываются герои с уникальными способностями, позволяющими менять стратегию, и новые виды оружия, томов и предметов, расширяющие набор сил и синергий. В игре три уровня возрастающей сложности; этапы на картах генерируются процедурно. Чтобы продвигаться по этим сложным зонам, нужно победить босса предыдущей области.