В Terra Nil предстоит создавать город с самого начала, стремясь сделать его экологичным: здания, загрязняющие воздух, воду и почву, использовать нельзя. Игровые карты генерируются случайно и отличаются подробной пиксельной графикой. В начале доступны средства на первые дома и производства, которые дают жителям работу.

Для дальнейшего развития нужна финансовая устойчивость. Ее обеспечивают торговля с внешним миром и магазины: жители тратят там заработанное, а выручка поступает в городскую казну и позволяет улучшать город. Просторные территории подходят для строительства крупного поселения, но инфраструктуру важно размещать так, чтобы она была удобна жителям. На карте также есть несколько типов природных ресурсов — их добыча нужна для освоения земель.

У проекта нет финала: строительство и повышение уровня жизни могут продолжаться долго. Развитию мешают частые природные катаклизмы. Они нарушают работу города и способны остановить его рост, поэтому игроку приходится быстро реагировать на происшествия и искать способы сократить ущерб.