Taiji — инди-головоломка с элементами адвенчуры, выполненная в двухмерном пиксель-арте. Камера смотрит на мир сверху и немного сбоку. Основу составляют многочисленные загадки с плиточными сетками: чтобы решить их, требуется переключать квадраты между включённым и выключенным состояниями. Все задачи оформлены через один и тот же интерфейс, поэтому игроку не приходится искать нужные пиксели или угадывать, с каким объектом следует взаимодействовать. При этом загадки отличаются друг от друга и рассчитаны на то, чтобы бросать игроку вызов.

Игрок действует сразу в двух ролях: стрелками на клавиатуре водит героиню, а мышью направляет огонёк-курсор. Это существо, напоминающее духа, способно воздействовать на окружение. Девушка исследует местность, а летающий огонёк расчищает ей дорогу и помогает перебраться через пропасти — например, включая мост. Каждое препятствие устраняется решением загадки; некоторые из них можно разгадать по подсказкам, спрятанным в оформлении локаций.

Исследовать предстоит множество областей в таинственном, технологичном и заброшенном мире, разделённом на биомы с разными визуальными темами и механиками. На игровой процесс отчасти повлияла The Witness.