Виртуальная чашка Петри в Substrate: Emergence населена светящимися организмами, конкурирующими за питание. Их форма и поведение задаются индивидуальным геномом, а развитие определяется наследственностью и искусственными нейросетями. Готового сценария для каждой популяции нет.

Колонии могут объединяться, нападать друг на друга или исчезать, если условия становятся неподходящими. Мутации сохраняются у потомков и постепенно приводят к новым штаммам внутри симуляции. Наблюдение за родословными помогает проследить, как менялись возможности организмов.

Химические взаимодействия влияют на распределение ресурсов и борьбу между соседними популяциями. Изменения отражаются в свечении колоний, делая процессы заметными на экране. Открытый характер модели позволяет наблюдать разные исходы развития вместо прохождения заранее написанной истории.