Изобретение лаборатории Ринтаро Окабэ неожиданно позволяет отправить сообщение в прошлое. В STEINS;GATE RE:BOOT небольшие эксперименты в Акихабаре втягивают его друзей в заговор и меняют привычную реальность. Курису Макисэ и Маюри Сиина оказываются среди тех, чья судьба связана с поиском выхода из временных противоречий.

На развитие истории влияет обращение с телефоном: ответить на звонок или письмо, отправить сообщение либо оставить его без реакции. Разные решения ведут к разным окончаниям. Обновлённый сценарий опирается на STEINS;GATE ELITE и добавляет новую мировую линию с финалом.

Персонажи получили анимацию E-mote и переработанный дизайн huke. Фоны и событийные иллюстрации перерисованы, озвучение записано заново, музыку обновил Такэси Або. Интерфейс также переработан. По ориентиру исходного описания прохождение занимает около тридцати–пятидесяти часов; фактическое время зависит от чтения и выбранных ветвей.