Зои и её дрон Коби исследуют враждебный подземный комплекс в мире, где человечество оказалось на грани исчезновения. Steel Seed сочетает скрытное перемещение с боевыми столкновениями и поиском ответов о судьбе людей. Машины контролируют пространство, поэтому проход через очередной участок требует сначала понять, откуда исходит опасность.

Игрок ведёт Зои по промышленным коридорам и многоуровневым площадкам, выбирая маршрут среди охраны и препятствий. Дрон сопровождает героиню и помогает ей в этом путешествии. Скрытность позволяет оценивать обстановку перед действием, а открытый бой требует учитывать угрозы поблизости.

Исследование комплекса постепенно раскрывает устройство мрачного будущего и историю героини. Механическое окружение, перепады высоты и опасные переходы связывают движение с поиском пути. В центре приключения остаётся взаимодействие Зои и Коби: они продвигаются через чуждую среду, собирая сведения, от которых зависит понимание происходящего.