В Stardeus игрок управляет уцелевшими системами космического корабля от имени его искусственного интеллекта. Руками ИИ служат дроны. Они приводят отсеки в порядок и постепенно превращают повреждённое судно в колонию, способную обходиться без постоянных указаний. Автоматизация освобождает время на исследования и на проблемы, которые подбрасывает симуляция.

Какую роль в этой колонии получат люди, зависит от игрока. Их можно разбудить и наладить совместную работу с роботами или оставить в стазисе, пока машины восстанавливают корабль своими силами. Игра допускает и куда более мрачное решение — использовать спящих как источник энергии.