В Ecopunk предстоит вернуть жизнь на опустошённую планету: для этого высаживают древние семена и пробуждают силу Матери-Древа. Побеждённых врагов можно приносить ей в жертву, получая благословения. По мере восстановления климата и природы раскрывается мощь Древа, укрепляющая поселенцев.

На руинах старой цивилизации нужно развивать поселение. Строительство свободное: стены, дома и оборонительные постройки размещают по клеткам. Община может осваивать до 8 профессий, в том числе медицину, изготовление оружия и кулинарию.

Выживание осложняют голод, болезни и экстремальная жара или холод. Пропитание добывают охотой и земледелием, а от сурового климата спасают надёжные укрытия с отоплением и охлаждением. На поселение также угрожают мутанты и вышедшие из-под контроля машины — с ними предстоят смертельные столкновения. Набеги на вражеские лагеря приносят ценные ресурсы, однако собственные рубежи необходимо оборонять. Колонистов защищают оружие — от пистолетов до тяжёлых дробовиков — и прочная броня.