SpellForce: Conquest of Eo уводит серию от прежнего сочетания RTS и RPG: вместо него здесь соединены 4X-стратегия и тактика. Игра идёт пошагово, а не в реальном времени. Ролевых элементов стало меньше, развитие персонажей упростили, а герои теперь скорее усиленные версии рядовых воинов. Бойцы получают за сражения опыт, растут в уровнях и набирают силу; некоторые умеют, например, лечить союзников. В игре представлено 100 юнитов и 60 заклинаний. Можно добывать ресурсы, перемещать войска, изучать и использовать магию, участвовать в случайных событиях, искать артефакты, учеников и рабочих, а также выстраивать отношения с дружественными городами.

События разворачиваются в Эо — мире дворфов, грифонов, орков, демонов, гоблинов и прочих существ. Игрок выступает в роли колдуна, которому досталась от учителя волшебная башня. Она парит над землёй, способна перемещаться и улучшается за счёт строительства новых комнат. Среди целей — отомстить магам Круга за гибель наставника, завоевать континент и освободить Архипламя от узурпаторов. Архипламенем здесь называют источники магической силы; контроль над ними позволяет расширять владения.

Сюжет рассказывается с помощью текста и изображений, а в отдельных эпизодах игрок принимает решения. От его выбора зависит одна из двух концовок. Карта мира для кампании создаётся случайно. Среди доступных специализаций: Алхимик изготавливает взрывные флаконы и зелья для боёв; Некромант воскрешает существ и командует нежитью; Мастер производит магические предметы и глифы.