В Silent Shark игрок командует субмариной в Тихом океане: это военно-морской тактический симулятор, рассчитанный на реалистичное управление. Тактическая карта служит центром игрового процесса. Искать противника можно акустическим гидрофоном либо оптическим перископом; для успешного перехвата капитану нужно при неполных данных сопоставлять шум винтов, курс целей и их внешний облик.

Чтобы подготовить атаку, следует выбрать подходящий угол сближения, учитывать волнение моря и сохранять тишину, приближаясь к вражеским эсминцам. Карьера открывает шесть типов подлодок — от Porpoise до Balao. В работе с оборудованием используются TDC для вычисления параметров стрельбы с поправкой на угол цели, стадиметр для оценки дистанции по высоте мачт и навигационные приборы, позволяющие прокладывать маршрут транспортиром и линейкой. Радиоразведка регулярно сообщает о движении конвоев, а во время долгого автономного дежурства экипаж может сыграть в криббедж.

Задача кампании — продержаться до конца войны. Мир устроен так, что потопленные вражеские транспорты не возвращаются, а базы перемещаются вслед за линией фронта. Запасы еды, свежего воздуха и дизельного топлива ограничены, поэтому при планировании продолжительных патрулей приходится тщательно обдумывать каждый шаг.