В Shelter игрок ведёт барсучиху и её пятерых детёнышей через опасный лес. Путешествие начинается возле норы, но вскоре семье приходится искать пищу и безопасный путь среди угроз, с которыми маленькие звери не справятся сами. Забота о потомстве становится основной задачей.

Мать собирает съедобные коренья, добывает небольших животных и сбивает плоды с деревьев. Еду нужно приносить детёнышам, наблюдая за их состоянием. Малыши следуют за ней, однако могут отстать или испугаться. Поэтому движение вперёд постоянно чередуется с проверкой того, где находится каждый член семьи.

На маршруте встречаются реки, огонь и хищные птицы. Одни участки требуют вовремя укрыться, другие — провести выводок через опасное место и не потерять никого по дороге. Ночная темнота усиливает уязвимость маленькой группы. Простые действия матери — найти пищу, выбрать укрытие, подождать отставшего — складываются в историю выживания, где важен не только достигнутый путь, но и судьба тех, кто идёт следом.