Придя в сознание на океанском лайнере массой 6000 тонн, герой обнаруживает, что экипаж исчез. Вместо команды по палубам бродят гротескные потусторонние сущности, превратившие судно в место проведения фанатичных ритуалов. Продвигаться приходится в давящей изоляции и с постоянным риском внезапного нападения из неосвещённых кают.

Планировка заброшенного лайнера в SENARA: The Sacrament воссоздана с документальной точностью с помощью лазерного сканирования реального судна. Технические переходы и каюты образуют запутанное пространство без навязчивых указателей, поэтому ориентирование становится отдельной проверкой внимательности. Напряжение нарастает в размеренном темпе: тишину нарушают тревожные скрипы обшивки, а к каждому шороху приходится прислушиваться перед тем, как открыть очередной запертый отсек.

Герой — новичок таинственного культа. Для продвижения нужно искать ключи и открывать связанные между собой отсеки, разбираться с шифрами корабельных систем и читать дневники о происхождении секты. Скрытность помогает избегать лишних боёв и беречь редкие боеприпасы. Сюжетное вступление Before the Dawn посвящено предыстории одного персонажа.

История раскрывается фрагментами. Чтобы понять, что произошло, нужно связать найденные записи, обрывки фактов и реплики немногочисленных выживших. От того, как герой поймёт собранные улики и какой выбор сделает, зависит исход кошмарного рейса; сюжет предусматривает несколько альтернативных концовок.