Человечеству Scarlet Nexus угрожают Иные — существа, устойчивые к обычным способам нападения. Для борьбы с ними действует отряд OSF, набирающий людей с псионическими талантами. Историю можно увидеть со стороны Юито Сумераги или Касанэ Рэндалл, обладающих психокинезом.

Боевая система соединяет оружейные приёмы с управлением предметами окружения. Объекты можно поднимать, разрушать и метать в противников, включая эти действия в комбинации. Помощь других бойцов и развитие способностей расширяют возможности в столкновениях.

Футуристический мир Нью-Химуки смешивает технологическую среду с аниме-образностью и научной фантастикой. Внешность Иных соединяет органические и предметные формы, подчёркивая необычный характер угрозы.

Пути двух главных героев пересекаются, но раскрывают происходящее с разных сторон. Отношения внутри отряда и тайны прошлого постепенно складываются в общую картину, поэтому обе истории дополняют друг друга.