В RUNNING TRAIN игрок управляет железнодорожными составами в спокойном темпе, проезжая по живописным уголкам японской провинции. Кабина машиниста воссоздана детально, а прибрежные и сельские виды дополняют погружение в управление. Доступная сеть двух вымышленных операторов насчитывает свыше 40 километров путей. Смена сезонов позволяет увидеть и цветущую сакуру, и зимние пейзажи под снегом.

За поведение поездов отвечают физическая модель и действующие средства безопасности — автоматическая остановка и контроль бдительности. Погода меняется на ходу, из-за чего придерживаться расписания становится сложнее. Игроку доступны четыре варианта поездов с разными техническими характеристиками, а освоить их можно на более чем 40 маршрутах: от местных рейсов до экспрессов, отправляющихся в разное время суток.

Внешний вид техники настраивается в открытом редакторе ливрей; для съемки индустриальных пейзажей предусмотрен фоторежим. Можно вести поезд самостоятельно или включить автопилот и наблюдать за дорогой — такой вариант подойдет любителям железнодорожной съемки. Для управления приборами поддерживаются специализированные контроллеры. В будущем разработчики планируют увеличить протяженность магистралей до 100 километров и добавить роль проводника.