Мир Reflex Unit: Strike Ops пережил катаклизм и оказался под властью могущественных корпораций. Игрок командует элитным отрядом, который противостоит Neotech — деспотичной корпорации, использующей остатки цивилизации. Тактические операции строятся вокруг специализированной техники: отряд отправляется на спасательные вылазки, добывает важные ресурсы и атакует базы противника, чтобы ослабить режим и отстоять свободу населения.

В миссиях необходимо учитывать характеристики машины: скорость, огневую мощь, запас топлива и грузоподъёмность. Сюжет ведёт к противодействию планам Neotech, связанным с опасной программой дронов и финальным оружием. Одновременно игрок разыскивает Клайва, своего родственника, которого корпорация захватила несколько лет назад; его судьба придаёт борьбе личную значимость.

История затрагивает предательство и непрочные союзы. Решения игрока и его боевые навыки влияют на судьбу человечества. Одиночный режим представлен сюжетной кампанией, а многопользовательская игра предлагает совместные задания и прямые PvP-сражения. В обоих форматах транспортные бои проходят на аренах: участники могут сражаться друг с другом или действовать сообща, расширяя стратегическое противостояние.