В roguelite Metal Thunder игрок управляет мощным боевым кораблём и сражается в мире, где ему противостоят враждебные силы. Воздушные бои требуют прорываться через группы противников и проходить опасные задания. У каждой миссии свой набор испытаний: успех зависит и от точности тактических решений, и от скорости реакции. Чтобы выдерживать меняющиеся угрозы, приходится менять подход прямо во время боя.

Непредсказуемость — основа Metal Thunder: механика roguelike делает каждую схватку особенной, а одинаковых прохождений не бывает. Миссии развиваются динамично, поэтому нужно быть готовым к разным ситуациям — от боя с повстанцами до отражения всё более сложных волн врагов. Игра проверяет, насколько быстро игрок способен оценить обстановку и скорректировать стратегию с учётом хода сражения.

Меняющееся окружение поддерживает разнообразие заданий. Можно прорываться через вражескую волну с недавно улучшенным оружием, а затем уклоняться от внезапного удара, пришедшего с неизвестного направления. Элементы roguelite также делают важными решения, которые игрок принимает перед каждым вылетом.