Puzzle Depot превращает рутинную работу с ящиками на складе в опасное приключение по постапокалиптическим землям. Это комедийная ретрофутуристическая история об исследовании промышленных остатков Депо-13: путь пролегает через пещеры с полчищами тараканов и озёра едкой жижи. Среди спутников — выжившие Стелла и Тодд и другие яркие персонажи; угрозу представляют огромные насекомые и роботы, вышедшие из-под контроля. О прошлом этого мира рассказывают разговоры, обнаруженные записки и бортовые журналы, где серьёзные сведения соседствуют с неудачными шутками.

Классическая пиксельная графика и энергичная музыка задают тон приключению. На каждом обширном уровне есть комнаты с головоломками, дополнительные задачи и секреты. Основа игрового процесса — сокобан, дополненный боями с противниками и поиском добычи. Игрок может выбирать из нескольких персонажей, каждый из которых обладает особыми способностями; среди них — специально приглашённый Тинкер Найт. Интерактивное обучение знакомит с правилами, а отмена предыдущего хода позволяет исправить ошибку, не начиная комнату заново.

Головоломки в духе классического сокобана сочетаются с новыми творческими механиками. Персонажи с разными способностями помогают справляться с задачами. Встроенный полноценный редактор позволяет создавать собственные испытания и делиться ими. В руинах предстоит сражаться с враждебными существами и собирать полезную добычу.