В Potion Permit фармацевт приезжает в Мунбери по поручению Ассоциации врачей: местный знахарь больше не справляется, а среди заболевших — дочь мэра. Вместе с собакой герой помогает примерно тридцати жителям, которые время от времени обращаются за лечением. Чтобы определить причину недуга, нужно обследовать пациента, проверить пульс и провести необходимые манипуляции, а затем приготовить подходящее средство — зелье, бальзам или мазь.

Для лечения приходится исследовать окрестности в поисках ингредиентов и добывать части монстров. С ними герой сталкивается в боях, проходящих в реальном времени: можно применять разные эффекты и пользоваться инструментами — серпом, топором и молотом. Инструменты улучшаются по мере игры. Собранные компоненты варят в котле; накопленный опыт открывает рецепты более высокого уровня с сильными эффектами, а сам котел можно усовершенствовать.

Положительное отношение жителей позволяет сблизиться с ними и развивать городские здания. Между делом можно отдыхать, заходить в таверны и рыбачить. Собака помогает отыскивать спрятанные предметы и подсказывает, где находятся некоторые персонажи. У симулятора алхимика открытый финал: направление развития определяет игрок, заботясь о жителях и подбирая способы их лечения. Сражения с монстрами нужны, в частности, ради частей тел для снадобий, а постепенное развитие города связано с одобрением горожан.