Действие Port Royale 2 разворачивается в начале XVII века, в период борьбы колониальных держав за власть над Карибским морем. В ту эпоху города могли за короткое время подняться и вновь исчезнуть.

Игрок становится молодым искателем приключений и с помощью отваги и мастерства создаёт крупное предприятие, сочетающее экономическую и военную силу. Развитие торговли позволяет быстро укрепить своё государство. Можно оберегать нажитое от пиратов, командовать флотом и прокладывать торговые маршруты, добиваясь положения влиятельного купца. Другой вариант — избрать разбойничью стезю, сражаться с пиратами и пополнять флот захваченными кораблями.

Стройте морскую империю, выполняйте задания, взаимодействуйте с купцами и дипломатами. Решения игрока влияют на судьбу государства. Для развития доступны заводы, фабрики, мясные фермы, плантации и винодельни; налаживание торговли помогает привести города к процветанию.

В мире игры представлены четыре нации, 60 подробно проработанных городов и 16 разных типов кораблей. По мере развития страны и роста казны меняется звание игрока. Оно определяет, сколько персонажей можно нанять капитанами, в скольких городах разрешено возводить крепости и станут ли доступны высокооплачиваемые задания. Начав с низов, игрок может в итоге получить от короля поручение захватить вражеские города.