Populous: The Beginning — третья часть серии и симулятор бога. Вместо бесплотного божества игрок ведёт женщину-шаманку, предводительницу первобытного племени. Её цель — вознестись до божества. В ходе кампании племя отправляется на другие планеты, покоряет местные народы и ищет новые источники магической силы.

В этой игре серии действие впервые полностью перенесено в трёхмерный мир. Игровые события разворачиваются на планетах: способностями шаманки можно изменять рельеф, а затем приходится заботиться о жителях и устранять противников поблизости. Чтобы распорядиться юнитом, игрок выбирает героя и поручает ему построить здание либо атаковать врага. Кампания охватывает 25 планет; противостоять предстоит племенам под началом магов дакини, чумары и матаки. Обретать новые знания и умения шаманка может у тотемов, которым нужно поклониться.

Войска представлены четырьмя типами бойцов: воины сражаются вблизи, метатели огня атакуют издали, проповедники способны задерживать неприятельскую армию или переманивать врагов, а лазутчики проникают на чужие базы и устраивают там пожары.

Единственный ресурс — мана, которую дают жители племени: чем больше население поселения, тем быстрее она накапливается. Заклинания позволяют обращать диких обитателей планеты в преданных последователей шаманки. Магию можно направлять и на уничтожение врагов; среди названных средств — вулканы и пчелиный рой, известный как Ангелы Смерти. Часто решающее столкновение сводится к поединку шаманов, обменивающихся мощными магическими ударами.