В Pizza Tower пиксельная графика и анимация напоминают старые мультсериалы конца прошлого века, а энергичный саундтрек задаёт темп. Это двухмерный платформер с боковым видом и духовный наследник игр серии Wario Land. Герой способен ходить в обе стороны, бегать и разгоняться, прыгать и делать рывки, ломать некоторые преграды, ездить на маунтах и превращаться в монстров. В схватках можно бить противников и парировать их атаки. Кроме боёв и преодоления препятствий, предстоит изучать этапы и сражаться с боссами. Чтобы попасть к боссам, нужно собирать начинку и зарабатывать деньги. В правом верхнем углу экрана находится маленький телевизор, показывающий, как меняется выражение лица персонажа.

Герой хочет уничтожить Башню Пиццы, но его история начинается с попытки спасти ресторан. Пеппино Спагетти — лысеющий итальянец и шеф-повар; иногда игроку дают управлять и Густаво. Пиццеликий злодей собирается из своего убежища выстрелить лазером по заведению протагониста и взорвать его. Чтобы этому помешать, Пеппино должен добраться до логова врага, подняться наверх и разобраться с антагонистом.

В Башне Пиццы пять этажей, разделённых на множество разнообразных уровней со скрытыми областями. Их можно проходить быстро, набирая как можно больше очков, или исследовать в своём темпе.