В Mycopunk отряд роботов New Atlas Hazard Crew работает на корпорацию SAXON. Машины отправляют бороться с грибковой угрозой, захватившей планету. Успешные задания нужны им, чтобы избежать утилизации, но одновременно позволяют узнать больше о катастрофе и роли работодателя.

Миссии строятся вокруг кооперации и настройки оснащения. Футуристическое оружие и инструменты модифицируются через систему улучшений на сетке. Разные конфигурации можно сочетать с личными устройствами роботов, получая полезные командные комбинации.

Противники используют захваченные технологии. Их можно разбирать на части, однако оставшиеся детали способны подобрать другие враги, поэтому уничтоженный компонент не всегда окончательно выходит из боя.

Возможности каждой отдельной машины ограничены, а совместные действия расширяют выбор решений. При этом огонь по союзникам возможен, и размещение команды приходится учитывать во время перестрелок.