Ковчегу нужны припасы, и отряд Сталкеров отправляется за ними в Зону. В Mutant Year Zero: Road to Eden следы прежней цивилизации соседствуют с опасными обитателями посткатастрофического мира. Среди участников экспедиции — похожий на утку Дакс, кабаноподобный Бормин и Сельма.

Исследование проходит в реальном времени. Можно осмотреть местность, заметить патрули и расставить бойцов до начала столкновения. Затем действие переходит в пошаговый режим, где важны укрытия, взаимное положение участников и сочетание их возможностей.

Мутации дают активные и пассивные способности, а найденное снаряжение помогает приспособить команду к очередной задаче. Состав можно расширять встреченными персонажами. Тихое устранение изолированной угрозы и подготовленная засада позволяют уменьшить опасность общего боя.

Связанные между собой области Зоны скрывают ресурсы, предметы и сведения о мире. Продвижение строится на чередовании осторожного поиска и тактических решений: прямое столкновение с каждым встречным отрядом далеко не всегда выгодно.