Mortal Kombat 3 (classic) — файтинг с одиночными поединками и сюжетной кампанией. Арены показаны сбоку в двух измерениях: бойцы выходят с разных сторон и начинают сражение после старта раунда. Турнирный поединок состоит из раундов; чтобы окончательно победить соперника, нужно выиграть два.

Игрок выбирает бойца и использует обычные удары, прыжки и комбинации приёмов. Можно атаковать в прыжке руками или ногами, а апперкоты включать в комбо либо ставить ими точку. В списке доступных персонажей — Сайракс, Сектор, Кабал, Ночной Волк, Синдел, Шива, Страйкер, Джакс, Кано, Лю Кан, Кун Лао, Соня Блейд, Саб-Зиро и Шан Цун. По мере прохождения кампании открываются Смоук, кибернетический ниндзя, и Нуб Сайбот — призрак Саб-Зиро, принявший новое обличье. У каждого бойца свои свойства, характеристики, навыки и комбинации ударов.

Во время боя нужно следить за здоровьем персонажа, атаковать, блокировать и менять положение на арене. Бег расходует энергию; также доступны добивания двух видов — «Фаталити» и «Бруталити». Некоторые комбо можно «препрограммировать»: они вскрывают защиту противника, помогают завершить связку и подбрасывают врага вверх, открывая возможность для джагглинга — атак в воздухе над землёй. На аренах есть интерактивные объекты. Кроме того, противника можно выбросить сквозь потолок и продолжить бой в другой локации.

В центре сюжета — замысел Шао Кана. Проиграв Лю Кану, он объединяется с Теневыми жрецами, чтобы поднять восстание и воскресить Синдел.