В Mini Metro игрок строит сеть подземного транспорта и расширяет ее по мере роста города: пассажиропоток увеличивается и создает нагрузку на станции. Соединять станции можно горизонтальными, вертикальными и диагональными линиями; по ним курсируют поезда. Линии пересекаются только на станциях или под прямым углом. Станции обозначены пустыми квадратами, треугольниками и звездами, а пассажиры — фигурами, соответствующими этим обозначениям.

Предусмотрено несколько вариантов игры. В нормальном режиме число ожидающих на каждой платформе ограничено: переполнение зала ожидания ведет к поражению, поэтому пассажиров нужно своевременно отправлять в поезда. Бесконечный режим снимает ограничения на вместимость пассажиропотока. В экстремальном режиме проложенные линии нельзя менять, а транспорт по ним не движется. В ежедневных задачах каждый день появляются новые городки и условия; после выполнения можно просмотреть таблицу победителей. Креативный режим позволяет самостоятельно развивать метро и без ресурсных ограничений добавлять или удалять станции.

В игре 12 уровней с моделями существующих городов: среди них Париж, Лондон и Нью-Йорк; прочие города открываются по ходу игры. Так, перевозка двухсот человек в одном из мегаполисов открывает Берлин. Городские особенности отражаются на игровом процессе: в Осаке доступен скоростной «Синкансэн», тогда как в Каире транспорт вмещает значительно меньше пассажиров.