Mexican Ninja соединяет аркадные драки с элементами рогалика и отправляет игрока в мрачный Нуэво-Токио. Здесь смешение японской и мексиканской культур привело к установлению жестокого феодального порядка. Улицы контролируют синдикаты Наркуза — союз якудза и наркокартелей, которым руководят пять влиятельных боссов. Воин-одиночка, вооружённый катаной и носящий сомбреро, вступает в сопротивление, чтобы свергнуть преступных властителей.

В боях нужно сочетать ударные серии с уклонениями и парированиями. Столкновения с Наркуза проходят в стилизованных городских кварталах; камера постоянно меняет положение, переходя от вида сбоку к пролётам и обзору сверху. В напряжённых дуэлях выживание зависит от того, насколько точно игрок выбирает позицию и выдерживает дистанцию.

За каждый забег герой получает ресурсы, позволяющие укреплять его и собирать боевые конфигурации. Новые попытки обеспечивают постепенное развитие: становятся доступны особые умения и технические варианты атак. Менять можно и облик воина — для этого предусмотрено множество нарядов.

Во время забегов духи даруют мистические благословения. Мексиканские дзютсу дают мощные суперприёмы для сдерживания толпы, а Древо Осла позволяет развивать уникальные боевые таланты героя. Атаки можно связывать в смертоносные комбинации против нескольких врагов; различные предметы снаряжения сочетаются друг с другом, усиливая персонажа.