В Machinarium персонажи общаются с помощью наглядных анимированных облачков мыслей: словесных реплик и обычного текста в игре нет. Возможности взаимодействия заданы физическими пределами героя — он может дотянуться только до того, что находится в радиусе его манипуляторов. Чтобы справляться с непростыми пространственными загадками, нужно изобретательно обращаться с механизмами, сочетать подобранные вещи и решать логические задачки. Если возникнет затруднение, можно воспользоваться подсказками двух уровней и иллюстрированным руководством с подробными схемами прохождения.

Действие разворачивается в меланхоличном промышленном поселении, показанном на тщательно нарисованных вручную 2D-фонах с ржавыми трубами и шестерёнками. Музыкальная партитура поддерживает настроение, а порой её сменяет смешное механическое бормотание местных жителей.

История начинается на свалке металлолома: туда выбрасывают разобранного маленького робота Йозефа. Починив себя, он отправляется в опасный путь, чтобы вернуться домой. В городе Йозеф сталкивается с заговором Банды Черных Кепок, которая собирается взорвать главную башню. Пережив заключение и сбежав из камеры, он пытается освободить похищенную подругу Берту и спасти парализованного градоначальника. Помогая чудаковатым жителям, робот обезвреживает бомбу и срывает планы преступников.

В переиздании обновили графический движок, благодаря чему особенно заметны достоинства нарисованного вручную мира. Проект получил престижные награды и признание более четырёх миллионов поклонников жанра.