В Lost Twins 2 Аби и Бен проходят через разные локации. Им предстоит снова оказаться вместе и найти путь к дому. Играть можно одному или вдвоём: локальный кооператив позволяет партнёрам вместе преодолевать препятствия.

Основа прохождения — головоломки с плитками: перемещая части уровня, игроки прокладывают новые пути. На этапах также встречаются нажимные плиты, шлюзы для управления водой, хрупкие объекты, которые можно разрушить, и лифты с подъёмниками. Задачи меняются от этапа к этапу, поэтому для преодоления преград приходится подбирать разные решения и применять логику, чтобы найти выход.

Здесь важны исследование и открытия, а не борьба с противниками. Нет таймеров, врагов для сражений и гибели персонажей, которая могла бы остановить продвижение. Игра обходится без письменных и устных диалогов: сведения о мире дают визуальные подсказки в окружении. Испытания следуют одно за другим по мере исследования мира и рассчитаны на людей разного возраста.