Путешествие героя Lost Sea по Атлантике заканчивается после сильного шторма: он оказывается на необитаемом острове в Бермудском треугольнике. Чтобы выбраться, ему нужно найти уцелевших членов корабля. Исследование процедурно создаваемых мест, поиски артефактов и полезных для выживания предметов, борьба с ловушками и препятствиями дополняются развитием корабля и команды. Гибель героя или кого-либо из экипажа необратима.

В игре пять архипелагов с разной фауной и сложностью. Острова различаются числом врагов, плиток, путешественников и гексо-клеток; на каждом есть уникальные боссы. В бою герой пользуется только мачете. Изначально ему доступен один приём, но с накоплением опыта он осваивает новые удары. Опыт также расходуется на навыки и пассивные способности.

В сундуках можно найти оружие, которое используется лишь один раз; открыть их способен только специально обученный человек. Члены команды выполняют разные задачи: одни занимаются починкой и ремонтом, другие ищут клады. Заработанные деньги идут на улучшение корабля, помогающего исследовать острова. У героя только одна жизнь, поэтому ему приходится действовать осторожно: после смерти игру нужно начинать заново.