Iron Storm предлагает стрелять то с позиции первого лица, то наблюдая за героем со стороны его спины. События разворачиваются в альтернативной версии истории: в 1964-м Первая мировая всё ещё продолжается. Европа охвачена кровопролитной войной двух лагерей — русско-монгольских сил, которыми руководит барон Угенберг, и объединения Великобритании с Германией. Лейтенант Джеймс Андерсон служит в англо-немецких войсках и выполняет задания в неприятельском тылу. Он пытается найти способ положить конец конфликту, который не прекращается уже свыше пятидесяти лет.

В описании указано, что «Коммандос: В тылу врага» включает шесть масштабных миссий. Набор оружия в Iron Storm широк: Андерсон может драться кулаками или воспользоваться ножом, а из огнестрельного ему доступны пистолет, дробовик, автомат, пулемёт и снайперская винтовка. В арсенале также есть ракетница, мины и два вида гранат, среди которых — газовые. По манере игры проект ориентируется на «Медаль за отвагу». Персонаж проходит через траншеи, городские улицы и туннели, сражаясь с противниками, которых называют казаками и сибиряками. Среди необычных врагов встречаются собаки-камикадзе.

Некоторые эпизоды требуют скрытности и запрещают герою применять оружие; в других приходится вести огонь по врагам из стационарных установок. Предусмотрена и поездка на танке. Здоровье само не пополняется: для лечения нужно разыскать аптечку и использовать её. Если боец погибает, продолжить можно, загрузив последнее сохранение, сделанное вручную. Из-за обилия скриптов отдельные противники оказываются неуязвимыми.