В мире Little Nightmares Шестая — девочка девяти лет в ярком желтом дождевике — ищет путь на свободу из подводного судна, похожего на огромное металлическое чрево. Это сюрреалистичный лабиринт, где ей противостоят чудовищные подобия взрослых, а игрока подстерегают первобытные страхи. В темноте Шестой помогает только старая зажигалка: ее слабый огонек лишь немного разгоняет мрак.

История обходится без диалогов и интерфейсных элементов, поэтому ее приходится читать по окружению и поведению обитателей. Выжить помогает скрытное передвижение: неосторожный шаг может выдать Шестую длиннору́кому Сторожу или жутким Близнецам-поварам. Для преодоления преград нужны ловкость и умение пользоваться небольшим ростом героини, в том числе пробираться по тесным вентиляционным ходам.

Среди эпизодов — поиски робких маленьких Номов в ржавых завалах и путь между столами, за которыми едят прожорливые Гости. Встреча со слепой и кровожадной Бабушкой происходит у водных преград. Звуковые ловушки позволяют сбивать с толку преследователей в темноте, а чтобы добраться до тяжелых предметов, приходится взбираться по высоким книжным полкам.

Улучшенное издание использует современную графику и объемный свет; благодаря этому встреча с таинственной Хозяйкой становится еще атмосфернее. Дополнения позволяют исследовать нижние уровни и узнать параллельную историю Беглеца, чей путь пересекается с маршрутом Шестой.