Как и «Корпорация Лоботомии», Library Of Ruina разворачивается в структуре корпорации из предыдущей игры, но продолжает её историю в формате карточной ролевой игры. Игрок становится хозяином библиотеки и знакомится с историями Анжелы, Сефироте и Роланде. В библиотеку приходят враждебные NPC: чем занимательнее собранные книги, тем интереснее её посетители, а многие рукописи таят секреты. Получать книги можно необычным способом — побеждённые враги превращаются в них.

Сражения строятся на картах, задающих действия, и аномалиях, уникальных для каждого помещения. Их эффекты бывают как полезными, так и вредными. У каждого юнита есть собственные карты и экипировка; чтобы добыть новые карты и предметы, приходится сжигать книги. Страницы переплётов теперь доступны на любом этаже, тогда как прежде каждый этаж открывал лишь определённые книги.

Составляя колоду, протагонист получает новые способности и наборы приёмов. Редкость карт обозначается цветом: зелёным, синим, фиолетовым или золотым. Подбор карт позволяет по-разному выстраивать игровой процесс, придавая ему индивидуальность. Также встроенный редактор даёт возможность создать персонажа. Экипировка различается особенностями, и некоторые предметы доступны только определённым классам героев.