Сюжет LEGO Harry Potter: Years 1-4 основан на первых четырёх книгах о Гарри Поттере. Игра сочетает аркаду, головоломки и элементы детского приключения: в оформлении и игровых механиках используются детали LEGO, а заклинания сохраняют авторский характер. Игроку предстоит вновь встретить знакомых героев, пройти историю фильмов и сразиться с противниками; среди тем игры — дружба и любовь в волшебном мире.

Первым доступным заклинанием становится Вингардиум Левиоса: с его помощью персонажи двигают ящики LEGO. Другие виды магии открываются по ходу сюжета, причём некоторые заклинания применимы лишь в определённых заданиях. Всего в игре 167 персонажей — главных и второстепенных. К основным относятся Гарри, Гермиона, Рон и его братья, профессор Дамблдор и Рубеус Хагрид. Второстепенные герои появляются в отдельных местах и квестах. Главных персонажей меньше, и доступ к ним открывается по мере смены игровых эпизодов: в начале доступны только Гарри, Рон и Гермиона. Остальных можно разблокировать в отдельных частях истории, но играть за них получится не в каждом эпизоде.

Многим героям можно менять одежду; костюмы, как и заклинания, влияют на прохождение. Девять ключевых персонажей владеют заклинаниями призраков, трое могут пользоваться магией гоблинов, а восемь хорошо справляются с магией змееустов. Помимо заклинаний, в игре есть зелья. Магию можно изучать на протяжении всей игры и просматривать отдельно в специальном окне, а зелья нужно варить из собранных предметов в котлах. Они расположены по всему Хогвартсу и Косому Переулку. Ошибка при варке может обернуться превращением в лягушку.