Мир Kernel Hearts гибнет под слоем пепла, а отряд M.A.H.O.U. пытается добраться до божества, которое нужно свергнуть. Четыре героини в стилистике махо-сёдзё штурмуют Вавилонскую башню: на её этажах встречаются ангельские противники и чудовища с библейскими мотивами, а завершает очередной участок бой со своим стражем. Физические атаки можно связывать с магией и перемещениями в пространстве. Когда небесное проклятие отступает, девушки на короткое время обретают подлинный облик и выпускают разрушительный импульс.

Между походами отряд возвращается в лабораторию рядом с последним человеческим убежищем. Здесь хранится копия воспоминаний героинь, а собранные в боях ресурсы идут на повышение характеристик. Развитие связано и с чипами для MAHOU.OS: её память составляет 256 КБ, поэтому устанавливаемые компоненты приходится подбирать. Они открывают умения и позволяют менять боевые возможности перед следующим восхождением.

Башню населяют не только враги. С её обитателями можно налаживать отношения, вручать найденные подарки и укреплять союзы. Эти знакомства помогают продвигаться дальше и раскрывают подробности пострадавшего мира.