В третьей Jagged Alliance от прежних игр остались базовые механики и часть персонажей. Наёмники здесь — самобытные чудаки: их особенности влияют на набор умений и способностей, а также накладывают ограничения, которые приходится учитывать при выполнении заданий.

События разворачиваются в вымышленном Гранд-Чиене, богатом природными ресурсами и политическими проблемами. В стране уже царит нестабильность: власть противостоит незаконным группировкам. Когда президент пропадает, ситуация окончательно выходит из-под контроля — начинаются уличные беспорядки и грабежи, а заключённые перестают подчиняться. Организация «Легион» стремится захватить власть и запугивает мирных жителей. В ответ корпорация «Адионис» привлекает людей через свои связи, а главный герой возглавляет собранный ею отряд чудаков.

Игроку нужно планировать действия, отправлять бойцов на разведку и захватывать обозначенные объекты. Шум может привлечь лишнее внимание и дать важной цели возможность скрыться, поэтому отряду важно действовать быстро, согласованно и чисто. Задачи отличаются друг от друга, но каждая нужна для стабилизации обстановки.