«Герои Меча и Магии 6» сохраняют пошаговый формат сражений серии. Сюжет переносит игрока на 400 лет назад, до событий пятой части, и знакомит с династией Грифонов в эпоху, когда она ещё была герцогством. В основных кампаниях предстоит играть за каждого из пяти детей рода. Наследники выбирают путь Меча или Магии и возглавляют собственные фракции.

В игре представлены Альянс Света, Лига Теней, Некрополис, Инферно, Святилище и Непокорные Племена. В каждой фракции доступны герои двух типов: воины, специализирующиеся на нападении и защите, и маги-колдуны.

Репутация героя развивается по одной из двух ветвей — Слёз или Крови — в зависимости от его милосердия или жестокости. Если отпускать отступающих противников и отдавать крестьянам найденное золото, герой получает очки Слёз; если расправляться с бегущими врагами и оставлять золото себе, растёт репутация Крови. Достигнув определённого уровня, персонаж открывает особый навык или заклинание. Выбранная ветвь также даёт расовые способности: некромант Слёз поднимает мёртвых и повышает их долговечность, тогда как некромант Крови наделяет подчинённых вампиризмом.

Владения игроков организованы в Королевства. Ресурсные точки, шахты и форты внутри каждого владения автоматически пополняют запасы своего хозяина. Чтобы установить над ними контроль, необходимо захватить соответствующий город. Поэтому вражеский рейд по тылам сам по себе не приносит добычи: противник ничего не получит, пока не захватит город. Основных ресурсов теперь четыре — золото, дерево, руда и кристаллы крови.

Помимо сюжетных кампаний, можно проходить заранее подготовленные сценарии в одиночку или сражаться с другими игроками: в мультиплеере, по локальной сети либо за одним компьютером. Среди особенностей игры также отмечены шесть фракций с уникальными героями, юнитами и расовыми способностями, обновлённая система Королевств, механика Слёз и Крови и история становления династии Грифонов.