По сюжету Freedom Fighters сантехник из Нью-Йорка волею случая становится во главе Сопротивления, ведущего борьбу с советскими войсками. В распоряжении героя — собственный небольшой отряд, которым он руководит в ходе кампании из семи глав. За прохождение на высокой сложности открывается ещё один, секретный уровень.

Перед каждой миссией брифинг сообщает главную цель и дополнительные задачи. Обычно нужно очистить все локации, чтобы продвинуться дальше. Решения могут иметь последствия в следующих главах: например, после уничтожения вертолётной площадки в очередной миссии не придётся сражаться с подкреплением, которое иначе прибыло бы на вертолёте.

Задачи сводятся к трём основным типам. Можно водрузить флаг над зданием — это ключевая цель, после которой отряд отправляется на следующую миссию; освободить заключённых, открыв камеры и проводив их до ближайшей канализации; либо взорвать мешающую технику или сооружение.

За успешно выполненные задания герой получает очки Харизмы. Они позволяют привлекать в отряд больше бойцов. Рекрутам доступны три приказа: атаковать, следовать за героем или держать оборону. В команде может быть до 12 человек. При достаточно высоком уровне Харизмы можно вылечить раненых советских солдат — тогда они смогут присоединиться к отряду.