В Elite Soldier: 3D Shooter игроку в роли бойца спецназа поручают задания, с которыми не справились остальные. Это шутер от первого лица с разнообразными сложными миссиями: нужно расправляться с вражескими террористами, освобождать заложников и обезвреживать бомбы. Важно выжить и пройти каждое задание без ошибок, способных привести к катастрофическим последствиям. В некоторых ситуациях особенно важно действовать тихо.

На выбор доступны пистолет-пулемёт, дробовик, автомат и снайперская винтовка. Во время прохождения уровней можно покупать броню и шлемы, повышающие защиту. В игре одна карта, но она большая; время суток и погодные условия меняются. Помимо миссий, предусмотрены режим выживания и несложные достижения. Игроку предстоит пройти все испытания и стать элитным бойцом.