За контроль над Арракисом в Dune 2000 соперничают великие дома. Император Фредерик IV из династии Коррино требует больше пряности и обещает победителю власть над планетой. История продолжается в видеороликах между заданиями кампании.

Выбрав сторону, игрок руководит строительством и армией среди песчаных ландшафтов. Базу нужно развивать и защищать, а войска и технику — направлять на выполнение основных и дополнительных задач. Сражения идут без разделения на ходы, поэтому решения о наступлении и обороне приходится принимать по ходу боя.

Игра заново представляет классическую стратегию: переработаны графика, движок и отдельные механики. При этом сохраняются знакомая вселенная, борьба домов и добыча ресурса, от которого зависит их влияние.