В 2206 году события разворачиваются на орбитальной станции, ставшей космопортом для межпланетных перелётов. Главный герой пробуждается после 150 лет криосна, обременённый огромными долгами, и вынужден принять должность главного инспектора. Каждый день на Землю прибывают инопланетяне, надеющиеся найти убежище от мировых кризисов, но пропуск получают не все.

В Donutal нет бумажных формальностей и свода правил: проверка основана только на беседе и понимании психологии. Игрок одновременно опрашивает группы прибывших, учитывая, как ладят между собой собеседники. В отдельной комнате можно сравнить рассказы двух подозреваемых и раскрыть их мотивы. Члены враждующих рас могут уличить друг друга во лжи, а искренние марсиане по биологическим причинам не способны лгать. Чтобы разобраться во всех этих особенностях, нужна предельная внимательность: утренние новости сразу показывают, к каким глобальным последствиям привели решения инспектора.

В повседневной работе герою помогает надёжный андроид Долфин, который знакомит его с ежедневными сводками. Среди прибывающих есть технически развитые пикторы, разумные осьминоги окто, говорящие необычным образом, и загадочные существа, чьё поведение трудно объяснить человеческой логикой. Нарисованные вручную сцены и футуристические новостные сводки формируют мрачную атмосферу. Выбор инспектора неизбежен и определяет судьбу всей планеты.