Секретный отряд прибывает на остров, чтобы разыскать доктора Кирка и выяснить подробности его исследований. В Dino Crisis обычная операция быстро превращается в борьбу за выживание: территория научного комплекса занята динозаврами, происхождение которых связано с опасным энергетическим экспериментом.

Необычные следы и последствия происшествия постепенно раскрывают масштаб угрозы. Оперативникам нужно исследовать помещения и окрестности, искать учёного и понять, что случилось в изолированном центре. Первоначальная задача сохраняется, но теперь столь же важно найти возможность покинуть остров.

Игра использует подход survival horror, знакомый по Resident Evil. Перемещение по локациям и поиск пути чередуются со столкновениями с сильными существами. Боезапас требует внимания: противники выдерживают несколько попаданий, а неудачный бой может осложнить дальнейшее продвижение.

Тайна исследований Кирка связывает сюжетные открытия с опасностями комплекса. Противостояние динозаврам остаётся частью более широкой задачи — завершить операцию и выбраться вместе с союзниками.