В Counter Clash три фракции предлагают разные способы вести войну. Королевство Монсо использует осадную технику и исцеляющие молитвы, кочевники Фахад делают упор на быстрые атаки и древнюю магию, а республика УРА полагается на работу инженеров и учёных, компенсируя медлительность огневой мощью.

Это минималистичная стратегия в реальном времени со строительством городов, обороной и захватом территорий. Семьдесят пять улучшений позволяют менять возможности войск и зданий: торговцы могут стрелять из луков, а замки — обстреливать противника бомбами. Состав отрядов и распределение ресурсов подбираются под выбранный подход.

Окружение добавляет ловушки и природные опасности, которые можно обратить против врага. Карты различаются условиями: среди них есть речные переправы и участки рядом с действующими вулканами. Сражения стремятся быстро перейти к тактике, не требуя длительной однообразной добычи.

В одиночной кампании встречаются подозрительный монарх, изгнанный шаман и недовольный генерал; отношения их союза меняются по ходу путешествия. Отдельный полигон позволяет без денежных ограничений экспериментировать с армиями разного масштаба и проверять новые сочетания улучшений.