Действие Cossacks: Back to War разворачивается в XVI–XVII веках. Польша, Англия, Германия, Царская Россия и другие государства соперничают за мировое господство на территории Евразии. Сюжетные кампании описывают события между странами Европы и Азии, а также показывают захват колоний.

Главное в игре — свободные сражения. Для развития доступны шесть ресурсов: дерево, уголь, еда, железо, камень и золото. Часть добывают в шахтах, часть крестьяне собирают на полях. Ресурсы поступают в городской центр, откуда игрок управляет ими. На них возводят казармы, центры изучения технологий и укрепления; исследования тоже требуют дополнительных запасов.

Участие стрелковых отрядов в бою зависит от наличия угля или железа: без этих ресурсов они не могут атаковать. Создание любого юнита обходится в золото и еду, причём наёмники особенно требовательны к золоту. Если заканчивается один из этих запасов, войско начинает гибнуть или дезертировать. Войска и прочие юниты представлены пехотой, флотом, кавалерией, артиллерией, наёмниками, священниками и крестьянами. К боевым относятся все перечисленные категории, кроме священников и крестьян.

Пехотой и кавалерией важно распоряжаться умело; развитая артиллерия, согласно описанию, не оставит шансов на поражение. Улучшенные и изученные мортиры и гаубицы способны одним выстрелом уничтожить до 50 вражеских пехотинцев. Обстреливать корабли с берега могут только артиллерийские юниты. Крестьяне заняты строительством, а священники ускоряют восстановление вернувшихся с войны войск.